奇異變形桿菌是變形桿菌屬的一種主要病原菌。和摩根變形桿菌相似,經常存在于人糞便中,常由腸源性引起尿路感染。在普遍使用廣譜抗生素后,變形桿菌已成為重要的條件致病菌,有時引起人類的嚴重感染,包括醫源性感染,每每造成死亡。普通變形桿菌和奇異變形桿菌與臨床關系較密切,奇異變形桿菌和普通變形桿菌是僅次于大腸埃希菌的泌尿系統感染的主要病原菌,腎結石和膀胱結石的形成可能與變形桿菌感染有關,有的菌株可引起敗血癥、食物中毒、腹膜炎、腦膜炎等。