干細胞治療效果主要與五個因素密切相關：
一. 干細胞品質控制。首先制備干細胞的生物實驗室必須符合標準。其次，必須掌握干細胞分離、凈化、擴增等技術。第三，干細胞的數量、質量必須得到嚴格的檢測。
二. 適應癥的選擇。雖然干細胞有治療多種疾病的潛力，但它不是包醫百病的 “靈丹妙藥”。因此，必須對病例嚴格評估和篩選。不能隨意擴大治療范圍，夸大療效。
三. 治療方案和經驗。干細胞治療是前沿學科，科研和臨床不斷總結，使治療方案逐漸趨于完善。研究機構和臨床學科的聯合，是提高療效和保障安全的優勢所在。
四. 回訪監控。干細胞治療是修復損傷和病變細胞的第一步，但功能的恢復需要一個過程，不同的病種、病情，功能恢復時間不完全一樣，治療后輔助性措施配合治療，比如神經功能的康復訓練等是必要的。
五. 患者間的個體差異。病人自身的體質、心理素質對治療效果也有一定的影響。治療前醫生要和病人、家屬充分溝通，使病人正確待看待病情，了解治療機理，樹立信心，消除顧慮，積極配合醫生的治療。