(3)找到該文檔,郵件選擇打開方式為記事本,可得引物信息。再次點擊文檔,另存為Up-LF或Down-LB.txt文件。這里的第16套引物,我們需要它的下游環引物即LB,故名為Down-LB。這樣命名的目的是為了防止混淆;
(4)同樣打開LAMP引物設計平臺(http://primerexplorer.jp/lampv5e/index.html)并上傳導入Down-LB.txt文件;
(5)依次點擊Generate和Display,即可得相應環引物。
顯然,有我們要選的LB。從高到低,依次為系統默認引物性能從強到弱的環引物。
Tip 3:如果某套引物無法自動設計出對應的環引物時,有三種策略:
一是點擊DetailSettings,調整引物長度至15-28試試,不要輕易動Tm和GCrate兩項設置;
二是可直接選取F1c和F2之間的序列作為上游環引物,或B1c和B2之間的序列作為下游環引物,但不得有很強的自身引物二聚體結構,且Tm值需在60-66之間。這只是無奈之舉;
三是重復步驟8,重新挑選引物組合,使平臺能自動設計出環引物為最佳。
11. 至此,以選擇第16和39套引物組合為例,我們獲得了IMSA引物設計所需的七個位點,從上游至下游依次為F3、F2、LF、F1c/B1c、B2、LB、B3,其中F1c和B1c完全互補,算作同一個位點。按著IMSA引物位點組合,可得:
IMSA外引物DsF=LF+F3
IMSA外引物DsR=LB+B3
IMSA內引物FIT=F1c+F2
IMSA內引物RIT=B1c+B2
IMSA莖引物SteF=LB
IMSA莖引物SteR=LF
12. 合成所設計的IMSA引物,并通過實際實驗,從特異性、靈敏度和反應時間等方面來驗證該引物是否合適。經濟條件允許的話,可同時合成三套或三套以上,以縮短驗證周期。