大家目前最常用的方法是利用溶液法進行蛋白提取（如 RIPA 裂解液），但是往往會在蛋白質提取中產生兩個不同的組分，即 RIPA 可溶性和 RIPA 不可溶性組分。通常 RIPA 不可溶性組分被我們直接丟棄忽略。但是已經有文章證實許多蛋白質存在于被丟棄的 RIPA 不可溶性組分中。也就是說利用溶液法提取的并非是完整的總蛋白，而僅僅是一些可溶性蛋白。
溶液法進行提取蛋白時會人工激活
caspase-3 和
caspase-7；還會人工激活某些激酶活性；影響磷酸化研究；影響細胞外基質；影響定量，定性蛋白研究。目前利用離心管柱式法進行蛋白提取，即可解決以上這些問題，只需加入裂解液，過柱離心，不產生不可溶組份，即可提取到完整的總蛋白！
動物組織總蛋白提取
變性總蛋白提取（SD-001）
以下步驟是從 15-20 mg 組織中提取，對于昆蟲組織，例如果蠅，使用 15-20 個幼蟲，蛹或成蟲樣本。如果起始量較大或者較小，需調整相應裂解液的用量比例。
1. 將離心管柱及接收管套管放在冰上預冷
2.
將 15-20 mg 組織放置于離心管柱上，用塑料棍扭轉研磨 50-60 次，加入 200ul 細胞裂解液，繼續研磨 30-60
次。（組織用量不要過量，無需過度研磨，裂解液可分兩次加入以得到最佳效果）注意：塑料研磨棒可以重復使用，用蒸餾水徹底沖洗干凈，用紙巾擦干。
3. 蓋上蓋子室溫孵育 1-2 分鐘，14000-16000rpm 離心 1-2 分鐘取出。
4. 立刻將收集管放置于冰上，棄去離心管柱，蛋白提取完成可應用于下游實驗。
請注意：部分未完全裂解的組織不會影響樣品質量。
天然總蛋白提取（SN-002）
1. 將天然細胞裂解液（SN-002），離心管柱及接收管套管放在冰上預冷。
2. 將 15-20 mg 組織放置于離心管柱上，用塑料棍扭轉研磨 50-60 次，加入 200ul 天然細胞裂解液（SN-002），繼續研磨 30-60 次。（組織用量不要過量，無需過度研磨，裂解液可分兩次加入以得到最佳效果）。注意：塑料研磨棒可以重復使用，用蒸餾水徹底沖洗干凈，用紙巾擦干。
3. 開蓋冰上孵育 5 分鐘，蓋上蓋子，4℃，14000-16000rpm 離心 1-2 分鐘取出。
4. 立刻將收集管放置于冰上，棄去離心管柱，蛋白提取完成可應用于下游實驗。
細胞樣品總蛋白提取
變性總蛋白提取（SD-001）
A．非貼壁細胞
1. 將離心管柱及接收管套管放在冰上預冷。
2. 低速離心收集細胞，在 1.5 ml 離心管中加入預冷的 PBS，旋窩震蕩,3000rpm 離心 2-3 分鐘清洗細胞。吸去上清，剩余與細胞體積相同體積的 PBS。渦旋震蕩重懸細胞。
3. 加入表格 1 中相應體積的細胞裂解液，渦旋震蕩裂解細胞。（細胞數量和裂解液須保證對應關系，以達到最佳提取效率）請注意：部分未完全裂解的細胞不會影響樣品質量。
4. 將裂解的細胞轉移到預冷的離心管柱套管中，14000-16000rpm 離心 30 秒取出
5. 立刻將收集管放置于冰上，棄去離心管柱，蛋白提取完成可應用于下游實驗。
表格 1，不同細胞體積應加入相應體積裂解液
細胞體積（ul） | 裂解液（ul） | 相當細胞量# X 106 |
3 | 20 | 0.3 |
5 | 50 | 0.5 |
10 | 100 | 1 |
20 | 200 | 2 |
40 | 500 | 3 |
﹡ NIH3T3 和 293T 細胞 10ul 體積相當于 1X106 個細胞
B． 貼壁細胞
1. 將離心管柱及接收管套管放在冰上預冷
2. 將預冷的 PBS 直接加入培養板，培養皿或培養瓶中清洗貼壁細胞，吸去上清。
3. 按照表 2 中將相應體積的細胞裂解液均勻的加入整個器皿表面，用移液器吹打幾次，將裂解的細胞轉移到預冷的離心管柱套管中，14000-16000rpm 離心 30 秒取出。（如提取濃度不佳，可減少裂解液使用量）
4. 立刻將收集管放置于冰上，棄去離心管柱，蛋白提取完成可應用于下游實驗。
表格 2，不同貼壁細胞量應加入相應體積裂解液
器皿 | 細胞數量 | 裂解液（ul） |
24孔板 | 0.1-0.2 Million | 50 |
6孔板 | 0.6-0.8 Million | 200 |
25 cm2培養瓶 | 1.5-2 Million | 500 |
天然總蛋白提取（SN-002）
A．非貼壁細胞
1. 將天然細胞裂解液（SN-002），離心管柱及接收管套管放在冰上預冷。
2. 低速離心收集細胞，在 1.5 ml 離心管中加入預冷的 PBS, 旋窩震蕩,3000rpm 離心 2-3 分鐘清洗細胞。吸去上清，剩余與細胞體積相同體積的 PBS。旋窩震蕩重懸細胞。
3. 加入表格 3 中相應體積的細胞裂解液，渦旋震蕩裂解細胞 15 秒。將離心管放置于冰上 3-5 分鐘然后渦旋震蕩 10 秒。（細胞數量和裂解液須保證對應關系，以達到最佳提取效率）
4. 將裂解的細胞轉移到預冷的離心管柱套管中，14000-16000rpm 離心 30 秒取出
5. 立刻將收集管放置于冰上，棄去離心管柱，蛋白提取完成可應用于下游實驗。
表格 3，不同細胞體積應加入相應體積裂解液
細胞體積（ul） | 裂解液（ul） | 相當細胞量# X 106 |
3 | 20 | 0.3 |
5 | 50 | 0.5 |
10 | 100 | 1 |
20 | 200 | 2 |
40 | 500 | 3 |
﹡ NIH3T3 和 293T 細胞 10ul 體積相當于 1X106 個細胞
B 貼壁細胞
1. 將天然細胞裂解液（SN-002），離心管柱及接收管套管放在冰上預冷。
2. 將預冷的 PBS 直接加入培養板，培養皿或培養瓶中清洗貼壁細胞兩次，吸去上清。
3. 按照表 4 中將相應體積的細胞裂解液均勻的加入整個器皿表面，放置于冰上孵育 5 分鐘，用移液器吹打幾次，將裂解的細胞轉移到預冷的離心管柱套管中，14000-16000rpm 離心 30 秒取出。（如提取濃度不佳，可減少裂解液使用量）
4. 立刻將收集管放置于冰上，棄去離心管柱，蛋白提取完成可應用于下游實驗。
表格 4，不同貼壁細胞量應加入相應體積裂解液
器皿 | 細胞數量 | 裂解液（ul） |
24孔板 | 0.1-0.2 Million | 50 |
6孔板 | 0.6-0.8 Million | 250 |
25 cm2培養瓶 | 1.5-2 Million | 500 |