方法一:使用Vector NT 軟件
做分子實驗,經常和不同的質粒打交道,了解各種質粒的圖譜信息是必需的,invitrogen公司的這款軟件絕對是分子生物學蟲子們的福音,要想對質粒圖譜了解更直觀,安裝這款軟件是非常必要的。這款軟件的軟件包里面會包括invitrogen公司的所有質粒圖譜信息和其他比較常見和經典的質粒圖譜。
方法二:查找質粒圖譜的網站
1. Vector Database(addgene)
這個網站很頁面很人性化,以前叫做lablife,現在網站做了整合,傳送http://www.91bio.com/carriers-website-to-find/),比如查找pRS類質粒圖譜(注意,是一類質粒圖譜,沒關系,照樣能找到),直接在搜索框輸入pRS,可以看到,之類質粒一共有三十多個。
找到自己需要的質粒名稱,點擊進入,就可以看到質粒圖譜了。
拿第一個質粒pRS413舉例,如上圖,質粒圖譜是不是很難看,對,我也覺得很難看,沒關系,看見view sequence了嗎?點擊進入,我們就得到該質粒圖譜的序列了。
如何得到比較好看的質粒圖譜呢,看到GeneBank了嗎?對,熟悉vector的童鞋們肯定知道該如何做了,對,點擊進入,如下圖,復制所有的代碼部分,新建txt文件,粘貼上代碼后,將文件擴展名由txt更改為gb格式,導入vector,你就可以在vector里面看到質粒圖譜了。
因為這個網站我經常用,并且和NCBI網站的運用方式一樣,以及和Vector軟件的配合使用,因此講解比較啰嗦。
2.Vector DB
此網站頁面比較簡陋,但分類比較直觀,總結和分類都比較完整。基本包括了所有表達系統的質粒信息。
不過唯一有一點不爽的就是,這個網站竟然沒有搜索欄啊,太不人性化了。那如何在那么多質粒信息中查找到我們所需要的質粒的信息呢?沒關系,我們有網頁字符查找功能,見紅色標記部分。
方法是:網頁工具欄 編輯——–在此頁上查找,然后輸入你的質粒名稱,就可以了。比如:我們輸入pRS,是不是就和搜索欄一樣出現有用信息了?
點擊我們需要的質粒進入下以頁面,以質粒pRS303為例,如下圖。有用信息除了對該質粒進行的一些描述性語言外,最重要的要算是紅色標記部分了,sequence
link進入是該質粒的序列。NCBI link,點擊直接進入了NCBI,如何在NCBI中得到質粒圖譜,下面將進行詳細解釋。
3. NCBI
重點介紹如何用NCBI查找質粒圖譜信息。如下圖,search下拉框中選中Nucleotide,搜索欄輸入質粒名稱,拿pRS303舉例:
search后,得到搜索結果,如下圖,點擊右邊的send to,選中file,genebank等選項,點擊Create File選項,得到一個gb格式的文件,導入vector軟件中,就得到了我們需要的質粒圖譜了。
4. Google及Google學術
Google確實是個好東西,學生物的應該好好的學習下他的用法,雖然對于墻內有時總提示無法打開,但搜索的效率是某娘不能比的,更不要提那個小三了。
檢索式子:質粒名 + map
質粒名 +sequence +filetype:txt or filetype:pdf
或者:進入google,點擊”圖片搜索”,直接查找圖譜。
5. 寒梅礪劍閣(熱心生物人整理的)
6. 其他的一些核酸數據庫
方法三:一些重要試劑公司網頁
其實也是一些網站,因為這些網站除了得到質粒圖譜等信息,還可以得到關于質粒使用方面的信息,因此單獨拿出來做一個分類。現在很多質粒,特別是應用比較廣泛的質粒都一些公司商業化的質粒,基本是由一個質粒你就會聯想到一個公司的名字。
比如簡單的,克隆載體pMD18-T,TaKaRa,有木有;pGM-T,天根,有木有;
一些表達載體,使用最廣泛的,pET系列,Novagen公司(默克)的;有雙MCS的Duet系列載體,Novagen的;畢赤酵母表達質粒pPIC3.5k,pPIC9k,pPICZA,pPICZaA等等,都是invitrogen的;另外一些pYES釀酒酵母表達系統,也是invitrogen的,因此知道常見的質粒是哪個公司的,去他們公司網站上肯定可以找到該質粒的相關信息。
在他們公司主頁搜索欄直接搜索質粒名稱,得到質粒序列,圖譜什么的都不成問題,而且可以下到表達系統操作手冊,原核表達看完pET表達系統操作手冊,真核系統看完畢赤酵母表達系統。
方法四:如何查找經過改造過的質粒的質粒圖譜
有些質粒是經過改造的,所以通過上述方法不能查詢到相應信息。這時,可以在google scholar中輸入質粒名稱,可以直觀地看哪些學者在何文章中使用了該質粒,從而可了解到質粒的來源;或者籍此向作者咨詢或索取。
另外介紹下如何通過文獻查找經過改造的質粒的圖譜信息,
Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). “☆Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs.” Nucleic Acids Res 38(6): e92.
這篇文獻,介紹了一種大腸桿菌染色體整合的方法,文中介紹了三個質粒,是由作者自己改造了,如何查找到這三個質粒圖譜了呢?
首先在PubMed中搜索到該文獻,如下圖。
很多人,找到文獻,僅僅將文獻下載下來就OK了,其實還有很多有用的信息,比如文章的supplementary,還有如上圖右邊的標記部分,Nucleotide,protein都是一些很重要的信息。點擊右邊的Nucleotide,進入如下頁面,看,文中涉及到的六個質粒序列全都有,點擊進入,按照方法二中,NCBI下載質粒圖譜的方法就可以得到這幾個質粒的圖譜,當然,前提是該文章的作者已將載體信息上傳了NCBI。