治療原則為建立不利于厭氧菌生長繁殖的環境（包括外科治療）和抗菌藥物治療。對少數產外毒素的厭氧菌感染如破傷風、肉毒桿菌食物中毒，宜同時應用抗毒素。對嚴重感染患者應加強支持療法、酌情輸血漿或全血，積極治療原發疾病。
1、破壞厭氧環境
包括局部病灶的切開引流、壞死組織或無效腔的清除、明顯腫脹伴氣體形成病變組織的減壓，以及并存的惡性腫瘤、異物、梗阻、血栓的去除等。為控制感染擴散和減輕毒血癥，必要時施行截肢、子宮切除等手術。而對抗菌藥物治療效果良好的肝膿腫、無明顯囊壁的腦膿腫、輸卵管附件膿腫等不一定作切開引流。淺表厭氧菌感染局部可用過氧化氫溶液沖洗。高壓氧治療適用于氣性壞疽病例。
2、抗菌治療
①甲硝唑；②克林霉素和林可霉素；③氯霉素；④β-內酰胺類抗生素；⑤大環內酯類；⑥萬古霉素和去甲萬古霉素等。
3、其他治療
支持和對癥治療包括維持水、電解質平衡、輸血、糾正休克、止痛、腎衰竭的治療、患肢的固定等亦屬重要。并發血栓性靜脈炎或DIC時，有應用肝素等抗凝劑的指征。由產氣莢膜梭菌造成流產后感染或敗血癥而并發血管內溶血時，可應用換血療法。破傷風或肉毒梭菌感染時，毒素是重要的致病因子，此時，抗毒素的應用尤為重要。此外可給氧，包括局部應用3%過氧化氫溶液沖洗和全身給藥，重癥患者可考慮高壓氧艙治療。