生物安全柜廣泛應用在衛生、醫療、疾病預防與控制、生物制藥、食品衛生，環境監測以及各類生物實驗室等領域，是保障生物安全和環境安全的重要基礎。生物安全柜的維護越精細越能更好地發揮它的作用功效。
那么，該如何正確維護生物安全柜，也是實驗工作的重點：
每次使用生物安全柜前，用70%的酒精(或其他殺菌劑，視用戶使用的材料而定)徹底對安全柜內部工作區域表面、側壁、后壁、窗戶進行表面清潔。不要用含有氯的殺菌劑，因為它可能對安全柜的不銹鋼結構造成損壞。也要對紫外燈和電源輸出口表面進行清潔。當清潔安全柜內部區域時，操作人員除了手放可以進入，身體的其他任何部位不能進入安全柜。并檢查警報并檢測基本氣流。
排水槽必須每周用70%的酒精(其他殺菌劑視使用的材料而定)進行徹底清洗，并檢查俘獲紙孔處是否有殘留物質。
每月對安全柜外部表面進行擦拭，尤其是安全柜的前面和上部，用濕布把堆積的灰塵打掃干凈，并檢查所有的維護配件的合理使用情況。
每季度檢查實驗室生物安全柜的異常或故障。檢查熒光顯像管確保它們工作正常，當不銹鋼上表面有難以去除的斑點時，可以使用MEK(methyl-ethyl-ketone)。使用MEK后，快速用清水和液體清潔劑沖洗不銹鋼板，并且用聚亞安酯布或者海綿進行擦拭。定期清潔不銹鋼表面使之保持表面的光滑美觀。
具備資格的認證技術人員要定期對安全柜進行性能認證，更換紫外燈，檢查上述其他的維護工作。