高危人群（HIV感染人群、尤其是外周血CD4+細胞<200/mm3者；腫瘤、移植患者,以及其他使用免疫移植藥治療的患者）,一旦出現發熱、干咳和進行性呼吸困難,低氧血癥,影像學表現為雙肺彌漫的磨玻璃影時,臨床上應該警惕PCP。目前診斷PCP仍然有賴于病原學診斷。由于尚無肺孢子菌的體外培養技術,病原學診斷方法是在呼吸道標本中找到病原體。染色方法包括姬姆染色法、哥氏銀染色法、甲苯胺藍染法等。呼吸道標本包括痰、誘導痰、BALF和各種肺活檢標本,以及口腔含淑液（oral wash specimens）。據報道誘導痰的敏感性為74~83%,BALF的敏感性89~98%。