本病根據患者有腹瀉,腹脹,上腹部疼痛或不適感,糞便惡臭,并可發現藍氏賈第鞭毛蟲等一般診斷不困難。在糞中發現具有特征性的滋養體或包囊就可作出診斷。這些蟲體在急性期很易找到,但在慢性感染期則以低水平間歇性排出蟲體,因此需反復多次糞檢或用尼龍線法或內鏡法獲取上段小腸內容物檢查蟲體,還可用免疫熒光試驗和酶聯免疫吸附試驗檢測糞中的賈第蟲或賈第蟲抗原,還有特異性DNA探針技術。