對阿米巴病的診斷,除根據患者的主訴、病史和臨床表現作為診斷依據外,重要的是病原學診斷,糞便中檢查到阿米巴病原體為惟一可靠的診斷依據。通常以查到大滋養體者作為現癥患者,而查到小滋養體或包囊者只作為感染者。