空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。
我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生物學數據集，SC_S1 、SC_S2兩個樣本，數據分析結果及展示如下：
1. 單樣本降維聚類及可視化
空間轉錄組測序結果是拿到包含空間位置的每個spot的轉錄信息。因此，根據結果，我們可以對spot為單位的數據進行降維聚類及組織區域分布匹配：
圖1 UMAP圖（左）和組織學圖像（右）
左邊是降維聚類展示圖，總共分成11個亞群，右邊是將11個亞群分布回歸到組織塊上。
2. 特定區域定位展示
根據空間分布特點，選擇感興趣的類群，進行單獨著色定位：
圖2 不同亞型空間定位圖
3. 多樣本疊加可視化
對來自不同樣本的數據，可以將這些結果進行合并展示，本結果為兩個組織區域接近樣本，合并后的UMAP圖如下：
圖3：多樣本共同可視化UMAP圖
左圖為不同顏色代表不同樣本，右側為13類不同亞群分類圖
4. 不同類型cluster細胞類型標記
該部分與常規單細胞轉錄組測序數據類似，可以根據特征marker基因，對潛在的亞型類型細胞進行標記，如下：
圖4 細胞類型分類圖
5. 多樣本并行分布UMAP可視化
對于多個樣本，可以進行單獨的分布展示，以從全局角度對兩個樣本進行對比分析，如下圖兩個不同樣本的UMAP圖：
圖5 多樣本并行UMAP圖可視化展示
6. 同基因不同樣本特征分布可視化
有了上述的分布圖性，可以對某一個特征marker基因，在不同樣本中的表達進行可視化展示：
圖6：同個基因在不同樣本的表達特征圖
7. 多樣本基因表達提琴圖展示
當然，為展示基因在不同樣本和不同類型亞群分布情況，可以以提琴圖進行展示：
圖7：樣本marker基因的提琴圖
不同顏色代表不同的樣本，橫坐標為不同亞群，縱坐標為基因表達豐度。
8. 多樣本基因表達空間分布可視化
當然，UMAP圖和提琴圖沒法充分顯示出空間轉錄組數據的優勢，以下在空間組織上進行不同樣本基因表達的同步展示，可充分顯示出同一個基因在不同樣本中的異同點：
圖8：多個樣本切片，特定marker的空間組織圖形
上述空間轉錄組數據分析結果由生物芯片生物信息團隊獨立完成。你也想要這么漂亮的數據？趕緊聯系我們吧！咨詢電話：400-100-2131
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