熒光染料是細胞生物學等科學研究中不可或缺的重要工具，熒光濾色塊是熒光顯微鏡中至關重要的一個部件。我們大家在操作熒光染料亮度的時候，我們可以按照上面的比較方法去比較熒光染料的亮度，那么一般熒光染料亮度怎么進行比較?
熒光染料的亮度可以用來比較不同熒光染料的熒光標記效果，通過陰性細胞群與陽性細胞群的熒光信號之間的關系來表示。但陰性細胞群的熒光信號受到信號強度、自發熒光、非特異性染色、儀器的電子噪聲等多個因素相關。
熒光染料染色指數是陽性細胞群的平均熒光強度與陰性細胞群的平均熒光強度之差與陰性細胞群熒光強度標準差之間比值的一半。熒光染料染色系數只和抗體克隆與質量、熒光團純度與質量、熒光修飾比、激光線及其功率、長通和帶通濾光片、目的細胞等因素相關。
熒光染料的染色指數與熒光染料的亮度呈正相關，也就是熒光染料亮度越高，染色系數也就高。
DNA染料：
圖1.用Cell Navigator?脂質液滴熒光測定試劑盒（Cat＃22735）和Nuclear Green?LCS1（Cat＃17540）染色的油酸處理過的HeLa細胞的熒光圖像。
| 染料名稱 | 標記部位 | 激光 | 濾光片組 | 亮度 |
| DAPI（17510） | DNA | 355 nm | DAPI | 6 |
| Nuclear Blue（17548） | DNA | 355 nm | DAPI | 6 |
| Nuclear Green（17540） | DNA | 488 nm | FITC | 6 |
| Nuclear Orange（17541） | DNA | 488 nm | Cy3 | 6 |
| Propidium Iodide（17515） | DNA | 532 nm | Texas Red | 3 |
| Nuclear Red（17542） | DNA | 633 nm | Cy5.5 | 6 |
細胞增殖染料：
圖2.用CytoTell?Green和CFSE進行的細胞增殖測定。在第0天，用CytoTell?Green或CFSE對Jurkat細胞（?2×106細胞/ mL）進行染色。在指定的那天，以1：1的比例連續通過細胞。在通過當天，在FITC通道中用ACEA NovoCyte 3000流式細胞儀測量熒光強度。連續幾代人以不同的顏色代表。
| 染料名稱 | 功能 | 激光 | 濾光片 | 亮度 |
| CytoTell Blue（22251） | 增殖 | 405 nm | DAPI | 6 |
| CFSE（22022） | 增殖 | 488 nm | FITC | 7 |
| CytoTell Green（22253） | 增殖 | 488 nm | FITC | 7 |
| CytoTell Orange（22257） | 增殖 | 488 nm | Cy3/TRITC | 7 |
| CytoTell UltraGreen（22240） | 增殖 | 488 nm | FITC | 7 |
| CytoTell Red 590（22261） | 增殖 | 561 nm | Cy3 | 7 |
| CytoTell Red 650（22255） | 增殖 | 633 nm | Cy5 | 7 |
細胞活力檢測染料
圖3.用CytoCalcein Violet 500（Cat＃22013）染色的活HeLa細胞圖像。細胞核用Hoechst 33342（Blue，Cat＃17535）染色。
| 染料名稱 | 功能 | 激光 | 濾光片 | 亮度 |
| Calcein Blue（22006） | 細胞活力 | 405 nm | DAPI | 6 |
| Calcein UltraBlue（21908） | 細胞活力 | 405 nm | DAPI | 6 |
| CytoCalcein Violet 450（22012） | 細胞活力 | 405 nm | DAPI | 7 |
| CytoCalcein Violet 500（22013） | 細胞活力 | 405 nm | FITC | 7 |
| Calcein（22001） | 細胞活力 | 488 nm | FITC | 7 |
| Calcein Orange（22008） | 細胞活力 | 488 nm | TRITC | 7 |
| Calcein UltraGreen（21905） | 細胞活力 | 488 nm | FITC | 7 |
| 7-AAD（17501） | 細胞活力 | 532 nm | Cy5 | 2 |
| Calcein Red（21900） | 細胞活力 | 561nm | Cy3/TRITC | 7 |
| Calcein Deep Red（21902） | 細胞活力 | 633 nm | Cy5 | 7 |