采用已衰退菌種進行生產會影響生產效率，而把已衰退菌種作為陽性菌株進行檢驗，則會影響檢驗正確率。既然變異是不可避免的，那么我們應該如果避免菌種衰退呢？
1、控制傳代次數
盡量避免不必要的移種和傳代，把必要的傳代減少到最低的水平以減少突變幾率。傳代次數越多，產生突變的幾率就越大，菌種發生衰退的機會就越高。在實驗室檢驗或者是生產實際中，應嚴格控制傳代次數。中國藥典當中規定，培養基靈敏度檢查所用的菌株傳代次數不得超過5代，以防止菌株因傳代次數過多引起衰退影響檢驗。
2、利用不同類型細胞進行接種傳代
放線菌，霉菌用菌絲進行移種比分生孢子容易衰退，因菌絲是對核且有異核存在，所以移種霉菌適宜采用孢子。
3、良好的培養條件
不良的培養條件會衰退細胞的出現，因此采用適宜的培養基進行菌種培養，以減少衰退幾率
4、采用有效的菌種保藏方法
根據保存時間的長短，選擇適宜的保存方法。
傳代培養法：復蘇后的第一代放于4℃冰箱或室溫保存，定期傳代培養。保藏時間依微生物種類而定。如，芽孢、霉菌、酵母菌保存6個月轉一次，普通細菌1個月轉一次，假單胞菌2周轉一次。
甘油凍存法：將復活后經過性能確認的菌株新鮮培養物（一般是第二代菌株），用0.85%的滅菌生理鹽水（約1-2mL）洗斜面菌苔成菌懸液；將上述菌懸液吸取適量于滅菌管（凍存管）中（如，滅菌管容量為5ml，則取1.5mL菌液），加入等體積的40%滅菌甘油，混勻，密封。保藏溫度為—20℃，一般可保存1-2年。
瓷珠保存管保存：菌株保藏管內含特制的小珠（20-25顆）和特殊溶液，只需將培養好的菌株接入溶液中，搖勻成菌懸液，細胞即吸附于小珠上，然后吸出溶液，將保藏管置-70℃可保存5年，置-20℃可保存2-3年。
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