（一）原蟲
引起陰道感染的原蟲主要有是陰道毛滴蟲，可致滴蟲性陰道炎。病人外陰灼熱痛、瘙癢，陰道分泌物呈稀膿性或泡沫狀，將此分泌物采用生理鹽水懸滴法置于低倍顯微鏡下觀察，可見波動狀或螺旋狀運動的蟲體將周圍白細胞或上皮細胞推動。在高倍鏡下可見蟲體為8-45μm，呈項寬尾尖倒置梨形，大小多為白細胞的2-3倍，蟲體項端有前鞭毛4根，后端有后鞭毛一根，體側有漢動膜，借以移動。此時陰道分泌物的清潔度為Ⅲ、Ⅳ度。
陰道毛滴蟲生長繁殖的適宜溫度為25-42攝氏度，故在檢驗時應注意保溫，方可觀察到陰道毛滴蟲的活動。陰道分泌物中查到陰道分泌物滴蟲是診斷滴蟲性陰道炎的依據，近年來采用陰道毛滴蟲單抗制的膠乳免疫凝聚法劑盒可提高滴蟲性陰道炎的診斷率。
在陰道分泌物中見到溶組織阿米巴滋養體時，提示為阿米巴性陰道炎。
（二）真菌
陰道真菌有時在陰道中存奪而無害，在陰道抵抗力減低時容易發病，真菌性陰道炎發找到真菌為診斷依據，陰道真菌多為白色假絲酵母菌，偶見陰道纖毛菌、放線菌等。采用懸滴法于低倍鏡下可見到白色絲假酵母菌的卵圓形孢子和假菌絲。如取陰道分泌物涂片并時行革蘭氏染色后油觀察，可見到卵圓形革蘭氏陽性孢子或與出芽細胞相連接的假菌絲，成鏈狀及分支狀。
（三）淋病奈瑟菌
淋病是目前世界上發病率較高的性傳播疾病之一。國內統計約占門診性病患者的40%。人類是淋病奈瑟菌唯一的宿主。在性關系紊亂情況下造成在人群中的廣泛傳染及流行。臨床上多婁箐南現急性癥狀，少數為慢性過程。淋病奈瑟菌的檢查首先采用涂片法，發宮頸管內分泌物涂片的陽性率最高，為100%；陰道上1/3部分為84%；陰道口處為35%。一般需將宮頸表面膿液試去，用棉拭子插入宮頸管1厘米深處停留10-30s，旋轉一周取出，將分泌物涂在玻片上，革蘭氏染色后油鏡檢查，找革蘭氏陰道性雙球菌，形似腎或咖啡豆狀，凹面相對，除散在于白細胞之間外，還可見其被吞噬于中性粒細胞胞質之內，因淋病奈瑟菌對各種理化因子抵抗力弱，涂片法可被漏診，必要時可進行淋病奈瑟菌培養，且有利于菌株分型和藥過敏試驗。近年來采用單克隆抗體技術生產的淋病抗血清，可與受檢查者宮頸分泌物中的淋病奈瑟菌結合，采用免疫熒光技術，在30分鐘內即可準確得出結果。比培養法快，比涂片支準確，較易掌握。此外運用PCR技術也可對淋病奈瑟菌過少，雜菌過多的標本進行診斷。
對于淋病非顯性感染者，其淋病奈瑟菌的鏡檢出和培養檢查常為陰性，但卻是淋病的重要傳染源。為此，近年來制備了多種檢測淋病奈瑟菌的基因探針。大部分淋病奈瑟菌內含有多拷貝的4。2kb隱蔽性質粒，此外淋病奈瑟菌青毒素抗性主要是由編碼β-骨酰胺酶的質粒決定的，用這兩種質粒標記的探針與陰道分泌物進行斑點雜交可分別探測淋病奈瑟菌及其抗藥性。其特異性敏感性均很高。目前還制備出淋病奈瑟菌DNA探針、菌毛探針和RNA探針，也建立了各種特異性高，敏感性強、簡便快速的右面放射性標記的檢測系統，成為淋病奈瑟菌及其抗藥性檢查的重要方法。