動物研究結果表明四環素類藥物可通過胎盤，可在胎兒組織中發現而對胎兒的發育產生毒性作用（通常與骨骼發育的延遲有關）。在動物懷孕早期接受治療可出現胚胎中毒的跡象。
鹽酸米諾環素，和其它四環素類抗生素一樣，可通過胎盤，孕婦服用后可引致胎兒損害。如果在懷孕期間服用鹽酸米諾環素或在服藥期間懷孕，應告知患者藥物對胎兒的潛在危險。
牙齒發育期間（孕后期）使用四環素類可引起牙齒的永久變色。牙釉質的發育不全亦有報道。
在妊娠的后三個月服用四環素類藥物可在胎兒骨骼中形成穩定的鈣復合物。在未發育完全的嬰幼兒中服用四環素類藥物（每6小時25mg/kg）可觀察到腓骨生長速度的降低。腓骨生長速度的變化在停藥后可恢復。
在上市后臨床經驗報道中，有先天性畸形，包括四肢減少的發生。
鹽酸米諾環素可在人乳中分泌；因此，應決定是停止哺乳還是停止用藥。