按照地理分區，我國400毫米等降水量線在西北地區，秦嶺—淮河一線大概是800毫米等降水量的分水嶺。這對考慮我國的水資源、水環境問題是很重要的基礎。
我國湖泊分為五大湖區，這五大湖區的污染特征和機制都不同，處理對策也應有不同。在科技重大專項的水專項具體實施過程中，我們將其劃分為八大湖區，并從環境基準的角度提出營養物控制的范圍。
污染范圍大、污染集中、流域性污染，是我國水體污染的主要特征。我國湖泊的使用功能不健康，并且沒有根據它的區域性生態特征來進行保護或是布局產業。
改善我國水環境，我們應該做到以下幾點：第一，以流域水生態系統健康為目標，優化發展模式。第二，著力提高管理水平，按照流域功能，制定出分類、分區、分級、分期的環境保護策略。把目標從總量控制向容量總量控制轉變，把被動式的管理轉變為主動式的管理。第三，全面提升流域污染控制水平。強調循環經濟，由末端治理轉向源頭控制、清潔生產;由單向技術研發轉向集成技術與綜合應用研發;由控制COD總量轉向控制氨氮總量以及重金屬、EDS等。
對此，全國環境保護戰略研究已經提出了目標，我們希望在經濟社會健康發展的轉型中，獲得環境科技創新的支撐，體現科技與環保經濟社會發展的融合。希望2020年主要污染物可以得到控制，有毒有害物得到初步控制;2030年能夠以水生態健康來評估河流和湖泊。
我國環保工作的新思路是總量控制、風險控制和質量控制。國家重大科技專項要構建一個流域水質目標管理技術體系，從技術上實現這一思路。該體系包括五個要素。
第一，對全國重點流域進行分區。在太湖和遼河做了三級功能分區，“十二五”要做到四級功能分區。其他流域在“十二五”期間要做到三級分區，落實到具體的河段上。
第二，成立環境基準與風險評估國家重點實驗室，重點推進相關工作。
第三，要嚴格實行質量管理控制，按照控制單元和控制目標來排放限制。
第四，構建國家重點流域的風險控制體系，這個體系包括突發性事件和累計性的污染造成的環境破壞。
水管理基準，落實在控制單元上和質量保護上，已經取得了進展。在對污染源的治理上，要把線性經濟變成循環經濟，從單項治理到綜合調控，從末端治理到全過程控制，再到循環利用。
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