根據孢子的形態、大小和遺傳特點，孢子可分同形孢子與異形孢子兩種類型。
同形孢子只有一種類型的孢子，它們的原葉體是雌雄同株的。但異形孢子則有大小不同和雌雄分化的二形孢子，它們的原葉體一般是雌雄異株的。在蕨類植物的卷柏屬已有異形孢子的分化；水韮屬、蘋屬、槐葉蘋屬和滿江紅屬等也具異形孢子。裸子植物和被子植物則完全為異性孢子。
孢子的顏色和外壁層次也隨種類而異。有的孢子具有三層壁；有的孢子壁分為二部分。
