質譜方法比抗體方法更先進的一個原因,就是已經開發出了一種新的定向分析技術,比生產一個新的抗體要快得多,并大大減少了檢測特異性方面的問題(抗體方法存在交叉反應的問題)。
雖然抗體方法在低豐度蛋白的檢測方面更加靈敏,但是質譜技術的一個明顯優勢就是能在單個實驗中檢測多種蛋白,比如說,系統生物學研究人員可以了解到一蛋白網絡中蛋白水平的波動,或者臨床研究人員能檢測到某種疾病狀態下,一組生物標記物的變化情況。