離子源產生離子后，需將離子引入在高真空下工作的質量分析器，并將中性分子去除。特別是利用電噴霧離子源等在大氣壓下產生的離子，它們需要從大氣壓環境進入到高真空環境，前后真空度相差約10個數量級或以上。這一過程，需要一個離子引導系統，建立一個中間過渡空間。
1.靜電透鏡
焦點常見靜電透鏡多由兩個或多個中間有孔道的同心金屬圓片或圓筒構成。靜電透鏡與光學中的玻璃透鏡功能相似，具有傳輸和聚焦的作用。靜電透鏡可通過控制各電極電壓來控制其聚焦的焦點，如圖1所示，是一種常見的三電極靜電透鏡。該透鏡由三個同軸電極組成，兩端電壓為0V，中間電壓為U，在聚焦電子時，U為正，并根據離子的聚焦要求變化。
圖1 靜電透鏡原理示意圖
2.多極桿
除了靜電透鏡外，離子傳輸聚焦裝置還有四極桿、六極桿和八極桿等多極桿裝置。它們篇工作原理相似，都是通過各個對電極的射頻電壓控制離子的傳輸和聚焦。以四極桿為例，四極桿工作過程遵循 Mathieu方程，當方程中a值為0時，將會使較寬泛的質荷比范圍內的離子通過，時四極桿成為了射頻離子傳輸裝置。六極桿、八極桿等多極桿作為傳輸裝置各有優缺點，如六極桿的真空耐受性優于四極桿和八極桿，八極桿質量歧視效應小于四極桿和六極桿，而聚焦效果四極桿更優。
3.離子漏斗
ESI等大氣壓離子源在常壓下產生的離子進入初級真空時常通過取樣錐，以此來較好地保障儀器真空，并減少可能的污染。但取樣錐也減少了樣品離子進入質量分析器的效率，降低了質譜的靈敏度。1992年， Gerlich等設計了由一系列中心孔徑相同環形電極組成的層疊環電極透鏡，該透鏡被視為離子漏斗的原型。該層疊環電極的相鄰兩個電極間加反相射頻電壓，形成一個“贗場”，離子通過電壓梯度在徑向進行傳輸。
1997年， Shaffer等發明了離子漏斗以替代離子取樣錐，具有更高的離子收集傳輸效率該離子漏斗由28片內徑逐漸縮小的環形電極組成內徑由入口的22mm縮小至出口的1mm每片電極厚度為1.59mm，每兩片電極由等厚的陶瓷片絕緣，并用電阻相連（如圖2所示）形成線性梯度電場。該離子漏斗可提高質譜靈敏度近一個數量級。但這一結構也存在著較大的質量歧視問題，通過改進出口的內徑尺寸，這一問題得到了解決。
2000年，Kim等對離子漏斗進行了進一步改進，將極片增加至100片，并調整了電極間距。前55片極片內徑均為25.4mm，后45片極片內徑依次遞減，最后一片極片內徑為1.5mm該設計應用在 FTICR--MS上獲得了當時質譜的最高靈敏度（約30zmol）。為了增強離子傳輸效率，有的離子漏斗會在電極中增加射流干擾裝置jet disrupter）。
圖2 電極離子漏斗
（a）左為28片電極離子漏斗實物照片，右為100片電極離子漏斗實物照片，加有射流干擾裝置
（b）左為28片電極離子漏斗俯視照片，右為100片電極離子漏斗俯視照片
離子漏斗不但在質譜儀中作為離子傳輸裝置在使用，還在離子禁、離子冷卻、與EESI離子源聯用、與離子遷移譜聯用等多方面得應用。