根據動物分類系統，人體寄生蟲分隸于動物界（Kingdom Animalia）的無脊椎動物中的扁形動物門（Phylum platyhelminthes）、線形動物門（phylum Nemathelminthes）、棘頭動物門（Phylum Acanthoce-phala）與節肢動物門（Phylum Arthropoda），及單細胞的原生動物亞界（Subkingdom Protozoa）中的肉足鞭毛門（Sarcomastigophora）、頂復門（Api-complexa）和纖毛門（Ciliophora）。
寄生蟲的學名按動物的命名，系用二名制名或亞種名之后者的姓與命名年份（論文正式發表的年份）。學名用拉丁文或拉丁文化的文字。例如，溶組織阿米巴（Entamoeba histolytica Schaudinn，1903）；惡性瘧原蟲［Plasmodiumfalciparum（welch，1987）Schaudinn，1902］，表示Schaudinn（1902）又確定此學名。
