對真菌毒素的防治應覆蓋從生產到入口前的全過程，即從生產、儲運到購買加工直至上餐桌。
首先，在生產過程中要防治病蟲危害，如花生莢果最易受蠐螬、白蟻和線蟲等地下害蟲侵襲，土壤中和害蟲所攜帶的黃曲霉菌就會從蟲損部位感染莢果，因而受地下害蟲侵襲的花生莢果黃曲霉毒素含量通常很高。受銹病、葉斑病以及玉米螟蟲侵害而枯死的花生莢果的黃曲霉感染率較高。
生產上主要應采取的預防措施有：使用抗病蟲品種，實行輪作制度，合理施肥和使用農藥，做好病蟲害防治，培養健壯花生植株，提高植株抗真菌侵染的能力等。
其次，培育抗病蟲品種。霉菌對玉米的侵染大多是在害蟲（如玉米螟）造成傷口之后乘虛而入。根據農業部2017年9月30日頒布的“玉米中黃曲霉素減控技術規程”（NY_T_3107-2017，2018年1月1日起施行），其中重要的一條就是“品種選擇：優先選用抗黃曲霉、寄生曲霉等真菌病害、其他病蟲害和抗逆性強的玉米品種 ”。因此，培育抗蟲品種是抗霉菌污染最有效的方法。而轉基因技術是選育優良抗病蟲品種的最佳途徑之一。因此，轉基因技術的應用不僅會產生巨大的經濟和環境效益，也會對保證人們舌尖上的安全作出貢獻。
再次，在儲運和加工過程中防止有害真菌污染也非常重要。有關部門應從采收、收購、儲存、運輸、加工、銷售和制作等各個環節都予以嚴格把關。
筆者建議，我國應將防止真菌毒素污染列入重要議事日程和監管范圍，對食品和飼料進行更嚴格和普遍的真菌毒素檢測，盡量減少其進入人們的食物鏈。
這包括對市場上銷售的食品特別是加工食品應有針對性地增加真菌毒素的檢測項目，以增強食品加工者的安全意識和保證消費者能吃到安全放心的食品。嚴格把住食品進口關，對進口食品和飼料特別是來自容易被真菌毒素污染風險高的地區進口的食品要制定嚴格的真菌毒素含量檢測制度，防止其從境外輸入。
通過科普宣傳使公眾廣泛了解真菌毒素及其危害和減少黃曲霉毒素污染的方法，以避免在日常生活中攝入污染嚴重的食品。例如，有的農民在玉米、小麥收獲脫粒前去除明顯的發病穗，也有的在粉碎加工前要增加淘洗和加工后迅速干燥的環節，雖然會增加一些勞動量，卻會產生較好的減少污染的效果。
同時，應當加強對真菌毒素防治的研究，采用多種先進技術，包括栽培、育種、儲存等盡量減少生產和儲運過程中的真菌毒素污染。國家轉基因專項研究除重點資助水稻、玉米、小麥等經濟價值較大的作物外，也應關注容易被真菌毒素污染且常被食用的作物，如花生、干果和調味品等，以及會直接影響我們肉蛋奶質量的飼草作物等。