肺部病變廣泛，與其他間質性肺炎相似，巨細胞病毒肺炎的特點是終末氣道肺泡壁及肺泡腔可見許多巨細胞，其中含核內包涵體和胞質內包涵體，這些包涵體亦可見于唾液腺、腎、胃腸道、肝、腦等器官。此外，肺間質和肺泡內均有單核細胞浸潤及富含蛋白質的液體。
