由于本病患者在潛伏期后期，癥狀出現前已大量排毒，即具有傳染性，難以及時發現并采取隔離措施，而至今尚無主動或被動免疫制劑供預防，因此戊型肝炎的預防策略是以切斷傳播途徑為主的綜合性預防措施。
大多數戊型肝炎的流行系經水傳播，保證飲水安全，廣泛宣傳喝開水，不喝生水，改善環境衛生與個人衛生等，大力進行衛生宣教，管理好水源、糞便、食品和病人，積極開展愛國衛生運動，尤其應該重視集體單位及幼托機構，預防流行和減少發病例數。
現有丙種球蛋白不能預防本病。HEV的基因重組疫苗尚在研制中，用HEV基因多肽，含ORF3HEV cDNA片段，插入真核表達質粒(pSVL)，構建HEV cDNA疫苗，接種實驗小鼠，該鼠血清可測得抗HEV陽性，為HEV基因疫苗的研制提供了可行性。主要是保護水源、加強食品衛生管理、注意個人衛生和改善環境衛生。人丙種球蛋白對本病無明顯預防作用。基因重組疫苗和核酸疫苗正在研究之中。