應結合臨床表現，實驗室檢查，X線，內鏡檢查及組織學檢查進行診斷。
根據典型癥狀，反復檢查糞便排除病原體感染，且充分抗生素治療無效者，應高度懷疑本病，可以結腸鏡或X線檢查所見作為依據，但必須結合臨床與自身免疫疾病進行仔細鑒別后才能確診。
本病的完整診斷應包括臨床類型，嚴重程度，病變范圍及病變分期。
