良性縱隔腫瘤及囊腫手術切除效果良好,但如囊腫在術中破潰,易有胸腔感染。有些良性腫瘤,如神經纖維瘤、畸胎瘤尤其是位于上縱隔及中縱隔的腫瘤或類癌,同大血管及心包粘連緊密,手術剝離過程中須小心細致,以免發生大出血而危及生命。惡性腫瘤的預后可參見各有關腫瘤內容。縱隔神經母細胞瘤的治療存活率較腹膜后神經母細胞瘤高。