小兒腹瀉病注意與以下疾病相鑒別：
1、小兒腹瀉病與生理性腹瀉(physiological diarrhea) 小兒外觀虛胖鑒別，出生后不久大便次數即較多，稀薄，呈金黃色，但不伴嘔吐，體重增加正常。至添加輔食后大便逐漸轉為正常。
2、小兒腹瀉病與急性壞死性小腸炎鑒別，感染及變態反應是發病的重要因素。本病具有腹瀉、腹脹、便血、高熱及嘔吐五大癥狀。大便初為水樣便，繼而轉暗紅色、果醬樣或血便，腹脹多較嚴重，可早期出現休克，甚至昏迷，驚厥。
3、小兒腹瀉病與急性細菌性痢疾的鑒別，夏季發病率高，患兒多有不潔食物史，潛伏期24～72h。大多數病人起病急，高熱、腹痛、嘔吐、腹瀉、里急后重，大便多呈黏液膿血便，排便次數每天數次至10多次。中毒性菌痢者可出現高熱驚厥、嗜睡或昏迷，甚至休克等癥狀。病程長短不等。糞便培養可確診。