小衛星DNA (minisatellite DNA )又稱可變數目串聯重復（variable number tandem repeat, VNTR），由15~65bp的基本單位串聯而成，總長通常不超過20kb，重復次數在群體中是高度變異的。多態性由于重復單位之間的不平衡交換，從而產生不同等位基因，可通過雜交檢測出。
VNTR基本原理與RFLP大致相同，只是對限制性內切酶和DNA探針有特殊要求：
(1)限制性內切酶的酶切位點必須不在重復序列中，以保證小衛星或微衛星序列的完整性。
(2)內切酶在基因組的其他部位有較多酶切位點，則可使衛星序列所在片段含有較少無關序列，通過電泳可充分顯示不同長度重復序列片段的多態性。
(3)分子雜交所用DNA探針核苷酸序列必須是小衛星序列或微衛星序列，通過分子雜交和放射自顯影后，就可一次性檢測到眾多小衛星或微衛星位點，得到個體特異性的DNA指紋圖譜。
小衛星標記的多態信息含量較高，在17一19之間。缺點是數量有限，而且在基因組上分布不均勻，這就極大限制其在基因定位中的應用。VNTR也存在實驗操作繁瑣、檢測時間長、成本高的缺點。