siRNA誘導的轉錄后基因沉默始于RNA誘導的沉默復合物（RISC）的組裝。該復合物通過切割編碼靶基因的mRNA分子來沉默某些基因表達。為了開始該過程，兩條siRNA鏈中的一條（引導鏈）將被裝載到RISC中，而另一條鏈即過客鏈被降解。某些Dicer酶可能負責將引導鏈加載到RISC中。然后，siRNA掃描并指導RISC到mRNA分子上完全互補的序列。認為mRNA分子的切割由RISC的Argonaute蛋白的Piwi結構域催化。然后通過切割與siRNA殘基10和11配對的靶核苷酸之間的磷酸二酯鍵精確切割mRNA分子，從5'端開始計數。這種切割導致mRNA片段被細胞核酸外切酶進一步降解。5'片段通過外來體從其3'末端降解，而3'片段從其5'末端通過5'-3'外切核糖核酸酶1（XRN1）降解。切割后靶mRNA鏈與RISC的解離允許更多的mRNA被沉默。這種解離過程很可能是由ATP水解驅動的外在因素促進的。
有時不會發生靶mRNA分子的切割。在一些情況下，磷酸二酯骨架的核酸內切裂解可以通過切割位點附近的siRNA和靶mRNA的錯配來抑制。其他時候，即使靶mRNA和siRNA完全配對，RISC的Argonaute蛋白也缺乏內切核酸酶活性。在這種情況下，基因表達將被miRNA誘導機制沉默。
Ping-Pong方法的簡化版本，涉及蛋白質Aubergine（Aub）和Argonaute-3（Ago3）切割piRNA的3'和5'末端。
Piwi相互作用的RNA負責轉座子的沉默，而不是siRNAs。