巨噬細胞的其中一個重要角色是移除肺中的壞疽碎片及塵埃。另外，在慢性炎癥中，移除已死細胞亦為重要。在炎癥的早期，大量的中性粒細胞會占據患處。當這些細胞死去時，就會被巨噬細胞所攝取。
塵埃及壞疽組織的移除大部分由固定巨噬細胞負責，它們會駐守在一些戰略位置如肺臟、肝臟、神經中樞的組織、骨、脾臟及結締組織，以攝取外來物質如塵埃和病原體。在有需要時，還會召集游離巨噬細胞。
當病原體被巨噬細胞吞噬后，病原體會被困于食物泡中并稍后與溶酶體融合。在溶酶體中，酶和有毒物質如過氧化物會把侵入者消化。但一些細菌如結核分枝桿菌及利什曼原蟲等病原體則對此消化方法產生抵抗及規避。巨噬細胞可以同時消化多過一百個細菌，然而，它們最終會死于自己分泌的消化混合物。