1935年蘇聯學者P.A.蒙金娜發現巨大芽孢桿菌能分解卵磷脂或核酸等有機磷化合物，并將其用于分解土壤中的有機磷化合物，開始了人工制造磷細菌肥料的研究。
巨大芽孢桿菌作為一種重要解磷細菌被廣泛應用于農業生產中，將其優化培養制成菌劑肥料使用，可以提高土壤肥質，增產增收。近年來，隨著微生物肥料在農業上的廣泛應用，巨大芽孢桿菌以其在土壤中的解磷作用而被深入研究，是工業上生產解磷固鉀肥的常用菌種，同時在水體處理和提高煙葉發酵增香效果上有獨特作用。
巨大芽孢桿菌能降解有機磷農藥和黃曲霉毒素。張廣志等人從長期受有機磷農藥污染的土壤中分離出3株能降解甲胺磷和甲基對硫磷的芽孢桿菌，其中2株為巨大芽孢桿菌。孫豐芹發現巨大芽孢桿菌TRS-3對黃曲霉毒素AFB1有去除作用，其發酵上清液降解AFB1的能力達到78.55%。
從生姜田土分離的細菌B1301鑒定為巨大芽孢桿菌。在盆栽條件下，B1301處理種姜能夠有效地防治由茄伯克氏菌引起的生姜細菌性青枯病。
前蘇聯等國研究結果表明，微生物巨大芽孢桿菌等細菌及其代謝產物—各種氨甚酸能有效地從礦石中溶解金。用巨大芽桿菌、腸膜芽孢桿菌等細菌浸出細粒浸染金2-3個月，浸出液中金濃度達到1.5-2. 15mg/L。