常用的細胞染色方法有：
1、簡單染色法，常用堿性染料如美藍等進行簡單染色；
2、革蘭氏染色法，主要包括結晶紫初染、碘液媒染、乙醇(或丙酮)脫色以及番紅復染四個過程；
3、瑞氏染色法，瑞氏染料溶劑主要是由伊紅美藍組成；
4、吉姆薩染色法，吉姆薩染色原理與結果和瑞特染色法基本相同；
5、細胞免疫熒光染色法，免疫熒光染色的主要原理是利用抗原抗體之間的特異性結合。
染色是生物顯微玻片標本制作中最重要的環節之一。先把破壞細胞膜的選擇透過性，再使用染色劑，將生物組織浸入染色劑內，使組織細胞的某一部分染上與其他部分不同的顏色或深度不同的顏色，產生不同的折射率，以便觀察。
另外，銀染法也較常用。當組織塊浸入硝酸銀溶液中時，有的組織結構能直接把硝酸銀還原，使銀粒附于其上，呈棕黑色或棕黃色。有些結構本身對硝酸銀無直接還原能力，若加入還原劑，可使硝酸銀還原沉淀顯色。