酮 - 烯醇，例：丙酮。參見酮-烯醇互變異構。
酰胺 - 亞胺酸，例：腈水解反應。
內酰胺 - 內酰亞胺，雜環中的酰胺-亞胺酸互變異構，例：鳥嘌呤、胸腺嘧啶和胞嘧啶。
烯胺 - 亞胺烯胺 - 烯胺，例：磷酸吡哆醛催化的酶反應。
質子轉移互變異構（Prototropic tautomerism）可以看作酸堿反應的一種，涉及質子的轉移。
環內互變異構（Intra-annular tautomerism）是質子轉移互變異構的一種，其中質子可以占雜環中的兩個或多個位置，例如：1H-和3H-咪唑；1H-、2H-和4H-1,2,4-三唑；1H-和2H-異吲哚。
環-鏈互變異構（Ring-chain tautomerism）也是質子轉移互變異構的一種，還伴隨有化合物鏈狀結構與環狀結構的轉化，例如葡萄糖的醛式和吡喃式。
價互變異構（Valence tautomerism）涉及化合物成鍵電子的迅速重組，例如瞬烯以及某些雜環化合物中存在的鏈狀-環狀互變，如疊氮化物 - 四唑。價互變異構體與共振結構和內消旋化合物不同，涉及化合物的分子結構是不同的。