常規的 PCR 產物純化的基本過程如下:首先使用瓊脂糖凝膠電泳分離除去反應體系中靶序列的非特異性擴增片段,然后使用蛋白酶 K 滅活耐熱的 DNA 聚合酶,此后使用常規的苯酚/氯仿抽提法除去剩余的 dNTP,離心、乙醇洗脫后干燥,最后使用高效液相色譜或者凝膠電泳分離反應體系中剩余的引物和引物二聚體。通過瓊脂糖凝膠電泳-溴化乙啶染色可以鑒定所提純的 PCR 反應產物的純度。