異染色質著色較深，常位于細胞核的邊緣和核仁周圍，構成核仁相隨染色質的一部分。可以分為結構性異染色質（constitutive heterochromatin）和兼性異染色質（facultative heterochromatin）兩種。
1.結構性異染色質 是各類細胞的整個發育過程中都處于凝集狀態的染色質。 此類染色質多位于染色體的著絲粒區，端粒區，次縊痕，以及Y染色體長臂遠端2/3區段，含有高度重復的DNA序列，沒有轉錄活性，是異染色質的主要類型。
2.兼性異染色質 是在特定細胞的某一發育階段由原來的常染色質失去轉錄活性，轉變成凝縮狀態的異染色質，二者的轉化可能與基因的表達調控有關。例如，女性體細胞中的兩條X染色體在胚胎發育早期都是有活性的常染色質，約在胚胎發育的第16天，其中一條x染色質失去活性轉變成異染色質，在核膜內緣形成高度凝聚的濃染色小體，即x染色質。