關于異染色質的功能，還未深入了解。但以下的幾點是明顯的。
1、結構型異染色質可以加強著絲點區，使著絲粒穩定，以確保染色體分離。
2、可以隔離和保護重要基因（例如NOR區的18S和28S基因），防止或減少基因突變和交換。
3、促進物種分化，同源染色體可通過其異染色質區的重復序列在減數分裂時配對，這種配對能幫助染色體全長的聯會。重復序列中可以容納突變，進而形成新的不同重復序列，由此而促進物種的分化和形成。
4、有利于非必要基因在生存競爭中被淘汰。
5、具有斑點位置效應，能導致常染色質異染色質化，使其中的基因表達受到抑制。
6、異染色質可以從兩個方面參與基因調控：一是通過一種與“異染色質化”有關的過程，使多數大片段的染色質結構關閉；二是通過穩定更多的已開放的染色質結構來避免其關閉結構狀態的存在。