真核mRNA在離開細胞核進而在胞漿的核糖體上被翻譯前需要特異的處理和修飾。這些過程包括去除內含子、5'端甲基化帽子形成和3'端加poly-A。內含子去除需要5'剪切位點、G75/G100U100A65AG65U保守序列、3'剪切位點、富含密啶NC66A100G100/G56保守序列和C72T98R77A100Y75保守序列。有效的加poly-A和mRNA剪切需要一個由兩個部分組成的信號：加poly-A保守序列AAUAAA和在切割位點內的50個堿基的富含GT的序列。酵母真核轉錄終止序列（幾個不同的富含AT序列,如含TTTTTATA，TATATA，TACATA，TAGTAGTA的一個38bp區域）被研究的最清楚。這些結果來自對酵母突變體CYCI mRNA的mRNA水平和相對長度的確定的實驗。近期用in vivo質粒穩定性分析的研究結果證明：TATATA似乎和原始的38bp野生型區域一樣有效地終止轉錄，而TAGATATATATGTAA和TACATA效率差些，TTTTTTTATA幾乎沒有效率。所有這些序列在反方向時沒有終止轉錄功能。不幸的是幾乎沒有其他真核表達系統轉錄終止序列方面的信息。
內含子對幾個哺乳動物基因的正常表達是必需的，包括Beta-球蛋白、SV40 late mRNA和二氫葉酸還原酶基因。單子葉植物細胞充分表達乙醇脫氫酶的cDNA拷貝、報告基因氯霉素乙酰轉移酶、Beta葡萄糖苷酸酶和其他缺乏內含子的基因時也依賴內含子。轉錄區域內引入內含子可以通過未確定的轉錄后機制增強表達。（免疫球蛋白基因）內含子可能也包含轉錄增強子，因此通過轉錄機制增強表達。