發病原因尚不清楚，目前主要有下列幾種可能：
1.發育異常
胎兒期或出生之初，有某種因素抑制了葡萄膜的正常發育，導致虹膜異色。引起持續卻甚輕微的炎癥，逐漸出現KP、房水渾濁、玻璃體渾濁、虹膜萎縮，繼而有晶狀體代謝障礙或房水排出困難，發生并發性白內障或繼發性青光眼。
2.神經因素
HI與支配眼內的交感神經徑路阻斷，誘發營養缺陷，從而使黑色素顆粒形成受到抑制有關。同時，此因素還能使虹膜血管通透性增強及隨之而來的蛋白滲漏、房水混濁和炎癥介質的釋放。
3.遺傳因素
與HLA相關的遺傳因素可能起一定作用。
4.免疫因素
患者房水中存在漿細胞、淋巴細胞，炎癥可能是免疫反應所引起的。
