25.用軟件設計的引物為什么不管用？
答：引物是否好用，能否擴增出您需要的引物，與是否用軟件設計沒有太多的關系。引物設計有一定的指導意見，軟件就是根據這些要求設計而成。不要迷信軟件給您設計的引物，軟件中一些參數您可能不明白，弄錯了反而麻煩。其實，PCR擴增的成敗最關鍵的是反應模板的制備和反應條件的控制。軟件設計最大的毛病是，有時判斷為該基因沒有一段區域滿足標準引物的要求。有時，我們需要擴增一段基因片段，引物的設計是沒有太多的選擇的。
26.為什么引物的OD260/OD280小于1.5 ？
答：我們多次接到類似的投訴：引物應該全是DNA,但是OD260/OD280的比值為什么那么低，怎么會有蛋白質污染？遇到這樣的投訴有時我們感到很是為難。投訴者有時心情很不好，還不聽解釋。撇開其他不談，引物化學合成，哪里有機會污染到蛋白質？
需要指出的是OD260/OD280的比值不能用來衡量引物的純度。OD260/OD280的比值過低一般是由于引物中C/T 的含量比較高所致。下表是一個20mer 同聚體引物的OD260/OD280的比值，清楚表明OD260/OD280的比值與引物的堿基組成密切相關。
A260/280 ratios of Crude 20-mer Oligos of Differing Base Compositions
Base Composition A260/280
5-AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA-3 2.50
5-GGGGGGGGGGGGGGGGGGGG-3 1.85
5-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-3 1.15
5-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-3 1.14
5-AAAAAGGGGGTTTTTCCCCC-3 1.66
27.同樣的OD用PAGE檢測，EB染色為什么深淺不一？
答：通常可以用EB染色的方法來判斷雙鏈DNA的量(如質粒DNA)，因為EB可以嵌合到雙鏈DNA中。而合成的單鏈DNA，由于堿基組成不同，形成二級結構的可能性不同，EB的染色程度也會有差異，比如Oligo(dT)等不形成二級結構，EB染色效果就非常差。所以不要用EB染色的方法來定量，而用紫外分光光度計檢測。同樣道理，用EB染色來照片不適合所有引物。
28.引物不純會有什么后果？
答：引物不純可能會導致：1)非特異性擴增；2)無法用預先設計在引物5'端酶切位點的酶切開，特別是沒有保護堿基的引物；3) 用于測序出現雙峰或亂峰。解決辦法重新合成或重新純化。
29.為什么我們的引物重合了幾遍都擴增不出來？
答：有些PCR擴增沒有成功，懷疑是引物不好。要求我們重合，沒有問題。可是有時遇到重合數次的引物PCR擴增還是不成功。這種情況的出現一般都是用戶自己的原因。對于引物合成，我們只能做到合成的引物沒有問題，至于您是否能夠擴增出來您需要的產物，那得靠您自己對實驗本身的理解和把握。我們不能杜絕我們不犯錯誤，但是引物合成犯同樣錯誤的幾率很小，想犯同樣的錯誤都難。
PCR擴增不成功的因素很多，需要您耐心地分析，最好在實驗時設置對照來判定原因。
如果您懷疑引物的問題，請您首先測定您溶解的引物的OD值，看實驗時加入的引物量是否正確。如果量是正常的，請您告訴我司您的引物編號，我們會復查留存樣品。如不明原因，我們免費為您重新合成一次。如果仍然不能擴增，請您查找其它原因。
30.已經溶解的引物，為什么原先使用正常，而過一段時間再使用就不好了？
答：如果您溶解引物的水PH過低或污染了菌或核酸酶，會使引物降解。使用時沒有充分解凍混合，液體不均勻也可能會造成引物加入量不準確。建議分裝引物，避免反復凍溶。建議使用10mM Tris pH7.5緩沖液溶解引物，因為因為有些蒸餾水的pH值比較低（pH4-5）, 引物在這種條件下不穩定。還有一種可能性是引物沒有問題，而是PCR使用材料特別是模板的質量與先前使用的不完全一致。
31.引物質量好壞的判斷標準是什么？
答：合成的引物和您的定單序列一致，而不是能否擴增出您所需要的產物。
32.引物是我們設計的，現在您擴不出來，我們要負責嗎？
答：不負責任。我們免費為一些實驗經驗不足的人員，免費設計引物。引物設計好，我們都會發給您確認。設計引物時我們遵循一般的指導原則，但是設計的引物是否能夠滿足您的實驗要求，擴增出您需要的基因片段，我們就不能保證了。我們遇到一些用戶，他們講：引物是你們設計的，也是你們合成的，我做不出，你們就要付責任。聽到這樣的抱怨，覺得心寒。
33.PCR擴增不出就引物有問題嗎？
答：基本不是。當今發展出各色各樣的PCR擴增技術，各色各樣的高溫聚合酶，就是來解決PCR擴增中遇到的擴不出，擴增效率低的問題。如槽式PCR就是擴增那些拷貝數很低的基因片段。 有些重復片段的擴增, GC含量高的片段，非要采用特殊擴增手段才能擴增出了。
引物擴增不出，主要是下列兩種情況比較常見（1） RT-PCR。請注意，很多基因通過常規RT –PCR方法是很難不增出來的。 RT- PCR成功的關鍵在于RT的反應的RNA質量和目標基因在特定組織和細胞中含量。（2）從基因組中擴增。一般情況下，基因在基因組中都是單拷貝，基因組作為模板需要嚴格控制用量。基因組DNA過高，會影響反應體系中的Mg和pH。
34.PCR擴增有很強的非特異條帶，說明引物有污染嗎？
答：不能。瞧，擴增目標很弱或沒有，道是非特異性條帶很亮，說明引物不純或有污染。一些用戶如是說。我們曾分析過一些非特異條帶，測序發現在這些非特異性片段的兩頭至少可以發現一條引物序列。我們只能說非特異性擴增一般是模板污染（如RNA中污染基因組）或擴增條件不合適所致。
35.引物合成的價格合理嗎，還有下浮的空間嗎？
答：不合理。對引物合成的成本，我們做了準確的統計和評估，認為現階段引物的價格處于一種非理性化狀態，價格已基本探底。引物合成的成本主要由四部分組成：（1）合成原料 （2）設備折舊 （3）人員費用 （4）場地和水電等消耗。其中合成原料占生產成本占30%，設備折舊占30%，人員費用占20%，場地和水電消耗等20%。我們的合成成本控制是相當到位，原料管理也非常嚴格，原料進貨成本不可能高于同行。現行的引物合成價格，已讓我們感到十分吃力。我們需要對我們的用戶負責，我們需要體現做人的準則，我們需要交稅，我們需要收回設備的采購費用，我們需要給我們的用戶提供配套服務，這些需要才使我們還在做引物合成。引物合成業務的利潤空間可能還趕不上菜場上買魚的。