首先引物與模板的序列要緊密互補，其次引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或發夾結構，再次引物不能在模板的非目的位點引發DNA聚合反應(即錯配)。
具體實現這 3 條基本原則需要考慮到諸多因素，如引物長度（primer length），產物長度（product length），序列 Tm 值 (melting temperature)，引物與模板形成雙鏈的內部穩定性(internal stability, 用 ?G 值反映)，形成引物二聚體(primer dimer)及發夾結構（duplexformation and hairpin）的能值，在錯配位點（false priming site）的引發效率，引物及產物的GC 含量（composition），等等。
必要時還需對引物進行修飾，如增加限制性內切酶位點，引進突變等。