在桿狀病毒系統中，要獲得蛋白質的有效表達，首先要選擇合適的轉染載體。依據表達的蛋白質屬融合型或非融合型，選擇單啟動子型或多啟動子型。另外目的基因的選擇要注意以下因素：
①該目的基因應不含內含子；
②去除其mRNA 5′端非編碼區的異源序列；
③翻譯啟始密碼子AUG應處于適當的序列之間（如Kozak 序列），通常認為其上游 -3位的堿基為A時最佳；
④去除mRNA 3′端的非編碼區的非必需序列；
⑤若用非融合型轉移載體，基因需含自身的ATG啟始密碼，若用融合型轉移載體則不必帶上；
⑥轉移載體中已含有多聚腺苷酸加尾信號，外源基因無需再帶上這類信號；
⑦如果表達產物的信號肽不能被桿狀病毒表達體系有效去除時，可考慮去除這類信號肽；
⑧若表達產物不能穩定表達時，可對其N端進行改造或表達融合蛋白。
除此以外，細胞的種類和生理狀態也是重組病毒繁殖的關鍵因素。蛋白質的低水平表達可能還與轉錄后加工、蛋白質轉運、以及蛋白質本身的性質相關，可以采用融合表達來解決。