⑴、受體細胞轉化的受體細胞一般是限制-修飾系統缺陷的突變株，即不含限制性內切酶和甲基化酶的突變株，它可容忍外源DNA分子進入體內并穩定地遺傳給后代。另外還應根據載體的性質及實驗的目的選擇合適的宿主。此外，受體細胞生長狀態和密度也很重要。不要使用經過多次轉接或儲存于4℃的培養菌。細胞生長密度以剛進入對數生長期時為好，密度過高或不足均會影響轉化率。⑵、載體DNA和重組DNA方面載體本身性質決定了轉化的高低，不同的載體DNA轉化同一受體細胞，其轉化效率不同。載體的空間構象也有明顯影響，超螺旋結構的載體質粒往往有較高的轉化率，經體外酶切連接操作后的載體DNA或重組DNA由于空間上難以恢復，其轉化率常比cccDNA低兩個數量級。對以質粒為載體的重組分子而言，分子量大的轉化效率低。⑶、操作方面感受態細胞的制備對轉化率影響較大。一般未經特殊處理的培養細胞對重組DNA分子不敏感，難以轉化成功。為防止雜菌和雜DNA的污染，整個操作均應在無菌條件下進行，所有器皿最好是新的，并經高壓滅菌處理，所有試劑也都要滅菌處理。⑷、轉化體系中重組DNA的濃度與純度轉化體系中重組DNA的濃度與純度對轉化率也有一定影響。在一定濃度范圍內，濃度越高，轉化率越高，重組DNA純度越高，轉化率越高。⑸、外源基因與宿主染色體的同源性外源基因來源與宿主親緣關系越近，越易整合到宿主染色體中，轉化率越高，否則易被宿主核酸酶降解而降低轉化率。