1. 電場強度
電場強度越大，電泳速度越快。但增大電場強度會引起通過介質的電流強度增大，從而造成電泳過程中產熱過多，引起介質溫度升高，影響電泳效果。降低電流可以減少產生熱量，但會延長電泳時間，減慢待分離生物大分子的擴散而影響分離效果。
2. 溶液性質
主要體現為樣本溶液的pH、離子強度和黏度等。pH影響帶電粒子的解離程度，決定物質所帶凈電荷的多少。當pH為蛋白質的等電點時，蛋白質所帶凈電荷為零，此時蛋白質在電場中不會發生移動。
適合電泳的離子強度為0.02-0.2。離子強度過高，帶電顆粒會將溶液中與其電荷性相反的離子吸引在自己周圍形成離子擴散層，從而降低粒子的電泳遷移速度。離子強度過低，電泳遷移速度會因為溶液pH變化而受到影響。
3. 溫度
溫度過高引起樣本分離帶加寬；溫度過高產生對流，易引起待分離物的混合；對熱敏感樣本易引起蛋白質變性；導致介質黏度降低、電阻下降，影響電泳效果。
4. 電滲
電滲是指電泳過程中液體對固體的相對移動。如果電滲方向與待分離分子電泳方向相同，則電泳速度加快，反之則減慢。
5. 支持介質
支持介質的篩孔具有分子篩的作用，能夠分離分子。其大小對待分離生物大分子的電泳速度有明顯影響。篩孔大的介質中，電泳速度快，反之則慢。此外，只是介質的黏性可阻礙泳動，起到吸附作用。