影響DNA分子在瓊脂糖凝膠電泳儀中泳動度的因素有DNA分子性質、瓊脂糖凝膠濃度、電場強度和緩沖液離子強度等。
一、DNA分子性質：
DNA分子性質包括DNA分子電荷數、大小和空間構型等。
1、DNA分子電荷數：
一般來說，分子的電荷密度越大，泳動度越大。但不同核酸分子的電荷密度大致相同，因此對泳動度影響不大。在中性或堿性時，單鏈DNA與等長的雙鏈DNA的泳動度大致相同。
2、、DNA分子大小：
對于線形分子，分子量的常用對數與泳動度成反比。
用標準樣品進行電泳并測定其泳動度，然后用DNA分子長度（bp）的負對數對泳動距離作標準曲線，可測定未知分子的長度。
3、DNA分子空間構型：
DNA分子空間構型對泳動度影響很大。如質粒分子的泳動度大小順序為共價閉環DNA＞直線DNA＞開環雙鏈DNA。
二、瓊脂糖凝膠濃度：
不同濃度的瓊脂糖凝膠構成的分子篩的網孔大小不同。選擇不同濃度的凝膠，可分離不同大小的DNA分子。
瓊脂糖凝膠適合分離長度為200bp～50kb的DNA分子。
三、電場強度：
電場強度高，電泳遷移加快。但瓊脂糖凝膠的有效分離范圍隨著電壓的增大而減小。
四、緩沖液離子強度：
核酸電泳常采用TAE、TBE和TPE三種緩沖系統，各有利弊。