? 可靠性差：最常見的問題是當壓力增高，閥座、閥芯和金屬沖擊頭受壓時系統逐漸變得不穩定。根據經 驗，當壓力增加到高于 70Mpa 時，除了的小容量系統，典型的往復速率每分鐘 150-400 個循環的柱塞泵系 統，相比較緩慢循環的由液壓驅動增強的系統，此時的穩定性很差。采用柱塞泵類型的高壓均質機，在高壓 時，或者使用非高強度耐腐蝕性材料時，這種問題亦加明顯。
? 壓力的脈沖范圍太大，除非多次均質，否則均質效果總是不太均勻
? 維護難：大部分這種設計的高壓均質機較難于拆洗維護，長期受壓，維護頻繁，需要很多的維護和配件 成本。一般中型和大型的柱塞泵式均質機都有數個柱塞泵體，因此需要更多的維護工作。
? 清洗：柱塞泵有很多不同的密封圈，從簡單的到復合型的密封圈。憑經驗樣品在密封圈、泵體、柱塞上都會有殘留，如果是一批樣品，則每做完一個樣品必不可少的要清除殘留。但殘留并非很次都能清除干凈， 因此經常的要拆下泵頭清洗，因此 CIP 很煩鎖。
? 滅菌:大多數柱塞泵的設計，在泵體里柱塞將形成一個死角，凝結物沒有排出的通道，蒸汽很難通過， 因此 SIP 很困難。