微波萃取技術與現有其他的萃取技術相比有明顯的優勢。化學溶劑萃取法耗能大、耗材多，耗時長，提取效率低，工業污染量大。超臨界流體提取在提取效率上得到大大提高，但其方法要求的裝備復雜，溶劑選擇范圍窄，需高壓力容器和高壓泵，故投資成本較高，建立大規模提取生產線有工程難度。
國外有關科研人員研究了從植物樣品中微波輔助提取多種殺蟲劑的適用性。在10min微波照射，50%最大功率的優化條件下，微波萃取與傳統的超臨界萃取(sfe)殺蟲劑的回收率無多大差別，但明顯節省溶劑和時間，且可同時處理多個樣品。同時研究表明，微波提取的最佳回收率與提取溫度，植物樣品的基體及殺蟲劑類型密切相關，針對不同的樣品，不同的殺蟲劑，采用相應的提取溫度及時間，獲得比超臨界萃取高的回收率是完全可行的。
傳統方法與微波輔助提取的回收率和時間的比較 化合物 回收率/% 所需時間 傳統 微波 傳統微波 天然脂肪(食物) 100 98 >3h
<5min antinutritives 40 100 ≥3h <5min 殺蟲劑(土壤) 90 100 <1.5h
<1min
