微生物（Microorganism, microbe）一詞并非生物分類學上的專門名詞，而是指大量的、極其多樣的、不借助顯微鏡看不見的微小生物類群的總稱。因此，微生物通常包括病毒、細菌、真菌、原生動物和某些藻類，它們的大小和特征見表1-1。
表1-1.微生物形態、大小和細胞類型
微生物 大小近似值 細胞特征
病毒 0.01～0.25μm 非細胞的
細菌 0.1～10μm 原核生物
真菌 2μm～1m 真核生物
原生動物 2～1000μm 真核生物
藻類 1μm～幾米 真核生物
但是有些例外。如許多真菌子實體、蘑菇等常肉眼可見；相同的，某些藻類能生長幾米長。一般來說，微生物可以認為是相當簡單的生物，大多數的細菌、原生動物、某些藻類和真菌是單細胞的微生物，即使為多細胞的微生物，也沒有許多的細胞類型。病毒甚至沒有細胞，只有蛋白質外殼包圍著的遺傳物質，且不能獨立生活。