微生物污染是指由細菌與細菌毒素、霉菌與霉菌毒素和病毒造成的動物性食品生物性污染。
微生物污染包括細菌性污染、病毒和真菌及其毒素的污染。據世界衛生組織估計,在全世界每年數以億計的食源性疾病患者中,70%是由于食用了各種致病性微生物污染的食品和飲水造成的。
微生物污染也是主要傳染性疾病的源頭。當前有20%的呼吸道疾病由大氣微生物污染引起;世界上最主要的41種重大傳染性疾病中,14種是由空氣中的微生物傳播所致。近年來一些大的公共衛生事件的發生,如SARS、禽流感、手足口病等都與微生物污染有關。