預防微生物的污染主要是通過減弱或消除微生物污染食品的各種因素和機會來實現的。要減弱或消除微生物污染,就要在原材料的收集、前處理、加工、運輸及貯藏等各個環節嚴格控制,加強環境衛生的管理,從生產的環境、設備和工作人員等各個方面盡可能減少徽生物污染食品的機會,防止微生物污染食品。食品原料在加工前,不論是動物性的還是植物性來源的, 都會受到一定程度的微生物污染,因此要選擇優質健康的原材料進行生產。原材料的運輸和貯藏會進一步增加微生物污染的機會,要有抑制或殺滅微生物的措施,防止微生物的迅速繁殖而避免在加工前即發生原料的腐敗變質。
土壤微生物污染的預防。目前所采取的措施主要有兩個:①加強對人、 畜糞便的管理,采取高溫堆肥、沼氣發酵、消毒等措施,對糞便、污水、垃圾進行無害化處理后再用于農田旅肥、灌溉,這是防止土壤微生物污染的 重要措旅;②直接對土壤施藥殺菌和消毒。高溫堆肥、沼氣發酵中產生的高溫和缺氧狀態,可殺死病原微生物和寄生蟲卵。高溫堆肥和沼氣發酵法必須符合衛生部制定的相應衛生標準。