沒有一種培養基或一種培養條件能夠滿足自然界中一切生物生長的要求，在一定程度上所有的培養基都是選擇性的。在一種培養基上接種多種微生物，只有能生長的才生長，其它被抑制。如果某種微生物的生長需要是已知的，也可以設計一套特定環境使之特別適合這種微生物的生長，因而能夠從自然界混雜的微生物群體中把這種微生物選擇培養出來，盡管在混雜的微生物群體中這種微生物可能只占少數。這種通過選擇培養進行微生物純培養分離的技術稱為選擇培養分離，是十分重要的，特別對于從自然界中分離、尋找有用的微生物。在自然界中，除了極特殊的情況外，在大多數場合下微生物群落是由多種微生物組成的，因此，要從中分離出所需的特定微生物是十分困難的，尤其當某一種微生物所存在的數量與其它微生物相比非常少時，單采用一般的平板稀釋方法幾乎是不可能分離到該種微生物的。例如，若某處的土壤中的微生物數量在10８時，必須稀釋到10-6才有可能在平板上分離到單菌落，而如果所需的微生物的數量僅為10２-３，顯然不可能在一般通用的平板上得到該微生物的單菌落。要分離這種微生物，必須根據該微生物的特點，包括營養、生理、生長條件等，采用選擇培養分離的方法。或抑制使大多數微生物不能生長，或造成有利于該菌生長的環境，經過一定時間培養后使該菌在群落中的數量上升，再通過平板稀釋等方法對它進行純培養分離。
1. 利用選擇平板進行直接分離
主要根據待分離微生物的特點選擇不同的培養條件，有多種方法可以采用。例如在從土壤中篩選蛋白酶產生菌時，可以在培養基中添加牛奶或酪素制備培養基平板，微生物生長時若產生蛋白酶則會水解牛奶或酪素，在平板上形成透明的蛋白質水解圈。通過菌株培養時產生的蛋白質水解圈對產酶菌株進行篩選，可以減少工作量，將那些大量的非產蛋白酶菌株淘汰；再如，要分離高溫菌，可在高溫條件進行培養；要分離某種抗菌素抗性菌株，可在加有抗菌素的平板上進行分離；有些微生物如螺旋體、粘細菌、藍細菌等能在瓊脂平板表面或里面滑行，可以利用它們的滑動特點進行分離純化，因為滑行能使它們自己和其它不能移動的微生物分開。可將微生物群落點種到平板上，讓微生物滑行，從滑行前沿挑取接種物接種，反復進行，得到純培養物。
2. 富集培養
主要是指利用不同微生物間生命活動特點的不同，制定特定的環境條件，使僅適應于該條件的微生物旺盛生長，從而使其在群落中的數量大大增加，人們能夠更容易地從自然界中分離到所需的特定微生物。富集條件可根據所需分離的微生物的特點從物理、化學、生物、及綜合多個方面進行選擇，如溫度、pH、紫外線、高壓、光照、氧氣、營養等等許多方面。如采用富集方法從土壤中分離能降解酚類化合物對羥基苯甲酸的微生物的實驗過程。首先配制以對羥基苯甲酸為碳源的液體培養基并分裝于燒瓶中，滅菌后將少量的土壤樣品接種于該液體培養基中，培養一定時間，原來透明的培養液會變得渾濁，說明已有大量微生物生長。取少量上述培養液轉移至新鮮培養液中重新培養，該過程經數次重復后能利用對羥基苯甲酸的微生物的比例在培養物中將大大提高，將培養液涂布于以對羥基苯甲酸為碳源的瓊脂平板，得到的微生物菌落中的大部分都是能降解對羥基苯甲酸的微生物。挑取一部分單菌落分別接種到含有及缺乏對羥基苯甲酸的液體培養基中進行培養，其中大部分在含有對羥基苯甲酸的培養基中生長，而在沒有對羥基苯甲酸的培養基中表現為沒有生長，說明通過該富集程序的確得到了欲分離的目標微生物。通過富集培養使原本在自然環境中占少數的微生物的數量大大提高后，可以再通過稀釋倒平板或平板劃線等操作得到純培養物。
富集培養是微生物學家強有力的技術手段之一。營養和生理條件的幾乎無窮盡的組合形式可應用于從自然界選擇出特定微生物的需要。富集培養方法提供了按照意愿從自然界分離出特定已知微生物種類的有力手段，只要掌握這種微生物的特殊要求就行。富集培養法也可用來分離培養出由科學家設計的特定環境中能生長的微生物，盡管我們并不知道什么微生物能在這種特定的環境中生長。
（五）、二元培養物
分離的目的通常是要得到純培養。然而，在有些情況下這是做不到的或是很難作到的。但可用二元培養物作為純化培養的替代物。只有一種微生物的培養物稱為純培養物，含有二種以上微生物的培養物稱為混合培養物，而如果培養物中只含有二種微生物，而且是有意識的保持二者之間的特定關系的培養物稱為二元培養物。例如二元培養物是保存病毒的有效途徑，因為病毒是細胞生物的嚴格的細胞內寄生物。有一些具有細胞的微生物也是嚴格的其它生物的細胞內寄生物，或特殊的共生關系。對于這些生物，二元培養物是在實驗室控制條件下可能達到的接近于純培養的培養方法。
在自然環境中，獵食細小微生物的原生動物也很容易用二元培養法在實驗室培養，培養物由原生動物和它獵食的微生物二者組成。例如，纖毛蟲、變形蟲和粘菌。對這些生物，二者的關系可能并不是嚴格的。這些生物中有些能夠純培養，但是其營養要求往往極端復雜，制備純培養的培養基很困難、很費事。
二、微生物生長量的測定
微生物學研究中常常要進行微生物生長量的測定，有多種方法用于微生物生長量的測定，概括起來常用的有以下幾種：
（一）直接計數法 ( 又稱全數法 )
1 、計數器直接測數法
取定量稀釋的單細胞培養物懸液放置在血球計數板 ( 細胞個體形態較大的單細胞微生物，如酵母菌等 ) 或細菌計數板 ( 適用于細胞個體形態較小的細菌 ) 上，在顯微鏡下計數一定體積中的平均細胞數，換算出供測樣品的細胞數。
（ 1 ）血球計數板及細胞計數
血球計數板是一種在特定平面上劃有格子的特殊載片。在劃有格子的區域中，有分別用雙線和單線分隔而成的方格。其中有以雙線為界劃成的方格 25( 或 16) 格，這種以雙線為界的格子稱為中格，其內有以單線為界的 16 （或 25 ）小格。因此，用于細胞計數的區域的總小格數為：25×16 = 400 。該 400 個小格排成一正方形的大方格，此大方格的每條邊的邊長為 1 mm ，故 400 個小格的總面積為 1mm２。
在進行細胞計數前，先取蓋玻片蓋于計數方格之上，蓋玻片的下平面與刻有方格的血球計數板平面之間留有0.1mm 高度的空隙。含有細胞的供測樣品液被加注在此空隙中。加注在 400 個小格（ 1mm２ ）之上與蓋玻片之間的空隙中的液體總體積應為：1.0mm×1.0mm×0.1mm = 0 . 1mm３
一般表示樣品細胞濃度的單位為：億個 / mL 。因此，在計數后，獲得在 400 個小格中的細胞總數，再乘以 10 ４ ，以換算成每 mL 所含細胞數。其計算公式如下：
菌液的含菌數 /mL = 每小格平均菌數× 400 × 10 000 ×稀釋倍數
在進行具體操作時，一般取五個中格進行計數，取格的方法一般有兩種：① 取計數板斜角線相連的 5 個中格；② 取計數板 4 個角上的 4 個中格和計數板正中央的 1 個中格。對橫跨位于方格邊線上的細胞，在計數時，只計一個方格 4 條邊中的 2 條邊線上的細胞，而另兩條邊線上的細胞則不計；取邊的原則是每個方格均取上邊線與右邊線或下邊線與左邊線。
