電腦系統一般安裝有較強大的軟件包: 包括( 1) 菌種資料庫。( 2) 流行病學/院內感染統計軟件: 可以提供多種流行病學統計報告。( 3) 藥品管理軟件: 其中的條件抗生素報告可以提供敏感結果，便于控制廣譜抗生素的使用， 指導合理用藥， 減少耐藥菌株的產生。并對藥敏實驗結果提供標準解釋， 指導臨床正確進行抗感染治療( 4) 專家系統軟件可以幫助解釋和檢測實驗結果。( 5) 中文報告系統軟件。軟件還帶有數據統計程序， 能進行各種統計學分析； 可以編輯不同的統計目的、范圍、時間、菌種及藥物等流行病學報告。
微生物鑒定和藥敏分析儀器的應用為快速、正確的細菌學報告創造了物質基礎, 使得細菌檢驗水平獲得了一個飛躍，是當代臨床檢驗進步的標志之一。
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